因为咖啡含有咖啡碱，进入体内会促进交感神经的兴奋，从而消除睡意，改善血液循环，身体也会感到温暖，不会感到疲劳，所以有提神的效果。但是，交感神经受到刺激和兴奋，但对食欲有负面影响，也就是说，食欲会减少，所以餐前喝咖啡不想吃。另外，由于胃部受到刺激而胃液分泌增加，刺激空胃，对胃溃疡等患者不利。这可以说是咖啡的负面作用。但是在餐后饮用，则因为胃液分泌会增加，所以对消化有帮助。因此，餐后饮用绝对没有问题。
另外，加入牛奶饮用可以缓解刺激作用，但是少量牛奶有多少中和咖啡因的作用，除非是一半牛奶的一半咖啡，否则可能会有效果。例如，早餐时喝的咖啡牛奶，牛奶比咖啡多，所以空胃喝还有缓和胃液的作用。最理想的是吃完饭再喝，那是有益无害的。
由于过敏系副交感神经激动引起气喘或过敏性鼻炎，如果能促使交感神经激动，抑制副交感神经，有助于防止发作。尤其严重的过敏症患者，一些轻微的诱因即可引起身体不适，加上心理上对过敏的恐惧，往往一发不可收拾。
所以建议利用咖啡因的长处，在过敏症、气喘即将要发作时（患者自己感觉得到）预先喝杯咖啡，颇有预防作用。这不仅是咖啡因的兴奋效果，患者心理上也有喝咖啡的安全感，不发作。当然，所谓“过犹不及”，再好的东西，也要“适可而止”。
否则不管餐前餐后饮用，过量咖啡因都会发生心悸亢进（心脏跳得很厉害），甚至精神恍惚、走路重心不稳等副作用。小心!过量饮用咖啡因饮料容易患肾结石的原则上，咖啡最好一天喝两到三杯。喝四五杯的话，大部分人都会感到不舒服，所以要小心。原则上，刺激性饮料最好每天不要超过三杯。
