肠胃功能紊乱的治疗方法有很多，首先是一般治疗，要帮助患者认识理解病情，提高患者应对症状的能力，指导其改善生活方式，调整饮食结构和有规律的饮食习惯，避免烟酒。还需要应用对症药物，首先是抑酸药，如果病人出现上腹痛综合征，建议给H2受体拮抗剂或者质子泵抑制剂，也就是法莫替丁或者泮托拉唑等，还可以用促动力药物，适合餐后不适综合征的患者。促动力药有甲氧氯普胺、多潘立酮、莫沙必利、依托必利。如果患者的幽门螺杆菌是阳性，建议系统抗幽门螺杆菌治疗，还有应用胃黏膜的保护剂。很重要的一个治疗方式是精神心理调整，它是治疗本病的基础，对抑酸和促动力治疗无效的且伴有明显精神心理障碍的患者，可选择三环类抗抑郁药物。对于有肠易激综合征的病人，如腹痛、腹泻和便秘交替出现的病人，可以根据病人出现的症状采取相应的治疗，如果病人有腹泻，可以给予止泻治疗，可以口服蒙脱石散。如果有便秘，可以针对便秘应用相关的药物，用大便软化剂，可以用乳果糖、聚乙二醇电解质散，也可以应用促动力药物。
