瓠瓜除了能盛药，本身也可为药。瓠瓜味甘，性平滑无毒，其蔓、须、叶、花、子、壳均可入药，医治多种疾病。据古代医书记载，瓠瓜花味甘，性平，无毒，可做解毒之药，对各种瘘疮尤为有效。蔓、须药性与花相同，可治麻疮。瓠瓜瓤及子，味苦，性寒，有毒，可治牙病，牙龈或肿或露，牙齿松动。又可治面目、四肢肿，小便不通，鼻塞，及一切痈疽恶疮。尤以瓠瓜壳的药用价值最高，其味甘，性平，无毒，用于消热解毒，润肺利便。愈是陈年的瓠瓜壳，疗效愈高。
