金针菇并非人人皆宜。传统医学认为，金针菇性寒，脾胃虚寒、慢性腹泻的人应少吃;关节炎、红斑狼疮患者也要慎食，以免加重病情。
网上有传言说新鲜金针菇有毒，且说这种有毒物质是“秋水仙碱”，人吃后对肾脏影响甚大，甚至在电视节目里也宣传这种观点。但其实只要是在正常环境条件下规范生产的金针菇，只要在生产加工过程中不添加有害物质，无论是新鲜的还是干的，都没有毒。根据国家对金针菇检测的12个指标，未发现金针菇含有秋水仙碱有毒物质。
有些媒体说新鲜金针菇有毒，估计有可能是把金针菜(黄花菜)当作金针菇，因为新鲜的金针菜的确含有有毒的秋水仙碱，一定要晒干后才能食用。金针菇与金针菜是两种食物，前者来自菌类，后者来自植物。
