卡氏肺囊虫肺炎病因比较复杂，多由肺孢子菌引起，其详细的病因如下：
发病原因病原是卡氏肺囊虫，分滋养体与包囊，主要存于肺内。广泛感染于人和动物，但通常仅少数虫体寄生于肺泡内（隐性感染），如遇到虚弱乳幼儿、先天性免疫缺陷及用免疫抑制药治疗中的病儿等免疫功能不全的病儿时，开始迅速增殖，而引起肺炎。
发病者必须注意隔离，防止交叉感染。对高危人群一定要密切注意观察。对有发生卡氏孢子虫感染危险的病人，则需要用药物预防，防止潜在感染转变为临床疾病和治疗后复发。喷他脒雾化吸入也可作为预防用药。
