红芡实本质上就是成熟芡实未剥皮制干而成，而芡实皮坚硬生涩，是不适合食用，也没有食用价值，所以在食用红芡实的时候都要剥掉表皮。普通家庭使用是可以买一个专门用于剥皮的小指套。现在市面上有专门剥芡实皮的小指套，费用低又方便实用，戴在手指上，用尖的一头在壳上轻划一下，壳剥开了，芡实就自然的掉落下来。煮红芡实前要先用水泡发，而且不能放入沸水中煮，否则难以煮熟。
如果是种植户需要大量剥皮的话，可以采用机器剥皮的方式。芡实剥皮机一般采用旋转式剥皮方法，既能快速使壳肉分离又不伤害到芡实肉，体积小，操作简单，节省了大量的加工时间，适合家庭加工作业。
不过机器剥皮容易碾碎芡实，加工得到的芡实质量较差，价格也不高，所以有些种植户仍采用传统的剥皮方法。传统的方法是将果实摊于打谷场上，先用木杵连续敲打，使果壳出现裂痕并破碎，然后再装入筐篓内用脚踩，让种子外部的薄膜自然脱落，裂出种子，用水淘净后晒干即是可食用的芡实。
