纯净水顾名思义是“纯净”的，因为它在具体处理工艺上采用反渗透法、蒸馏法、去离子法或离子交换法等加工方法制造，能够有效地将水中的有机物、重金属、细菌、病毒等有害物质滤除。而目前大家生活中最常见的自来水则是通过水厂的取水泵站汲取江河湖泊及地下水、地表水，经过沉淀、消毒、过滤等工艺流程将水中的泥沙、杂物去除，同时通过加入具有一定杀菌作用的消杀剂如漂白粉、液氯等，对水中的细菌进行毒杀。
自来水和纯净水虽然都是饮用水，但是在目前这两种水国家规定的质量标准上有着明显的区别。如理化标准中的氰化物，自来水中含量规定要求≤0.05mg/L，而对纯净水则规定要求≤0.002mg/L，两则要求相差25倍；卫生指标中的菌落总数，标准规定自来水要求≤100个/ml，而对纯净水则要求≤20个/ml，两者要求相差又是5倍。
从运输途径来看，纯净水目前都是采取灌装在专用桶内，以密封的形式进行运输。如果对专用桶在回收后执行严格规范的清洗消毒，纯净水的质量就不会发生变化。而自来水通过管道输送，一种是直接到达终端用户，另一种是通过高层水箱、蓄水池再到达终端用户的家中。如果管网污染、陈旧老化、破损修理，或高层水箱、蓄水池不清洗消毒，都会不同程度地造成二次污染。
