巧克力囊肿可能遗传，有家族聚集性，除遗传因素，雌激素水平高、生殖道发育异常、患有自身免疫疾病等可引起巧克力囊肿。 巧克力囊肿可能遗传。其有家族聚集性，若家族中母亲或姐妹中出现巧克力囊肿，则患病率明显增高；双胞胎姐妹中一方患巧克力囊肿时，另一方出现率高达75%。 内分泌紊乱，导致体内雌激素分泌水平较高，可能诱发巧克力囊肿。生殖道发育异常可能出现巧克力囊肿。出现自身免疫性疾病时，如红斑狼疮，患巧克力囊肿可能性更大。
