新生儿呼吸暂停的治疗方法要从原发疾病着手。如果新生儿呼吸暂停不能确定其原因的话，可采用下列治疗方法：
1、供氧
呼吸暂停患儿都需供氧，往往由于纠正了被认识的低氧血症而减少呼吸暂停的发作。
2、增加传入冲动
发作时给予患儿托背、弹足底或给予其他的触觉刺激常能缓解呼吸暂停的发作，但是其缺点是需要专人守护。将患儿置于振动水床，可以通过增加前庭的位觉刺激，而增加呼吸中枢的传感神经冲动，减少呼吸暂停的发作。
3、药物治疗
茶碱或氨茶碱是治疗呼吸暂停的最常用治疗药物。茶碱可能直接刺激呼吸中枢或增加呼吸中枢对CO2的敏感性，使呼吸频率增加，减少呼吸暂停的发作。其机制是由于抑制磷酸二酯酶，增加cAMP和儿茶酚胺的水平。
枸橼酸咖啡因也是通过刺激呼吸中枢而令呼吸频率加快，但其毒性较低。药物有效血浓度在8～20mg/L，每3～4天测定1次。当血浓度>50mg/L时，可出现恶心、呕吐、心动过速、心律紊乱、利尿和烦躁，甚至惊厥。苯甲酸钠咖啡因不用于早产儿呼吸暂停，因苯甲酸钠可与胆红素竞争白蛋白结合点，增加核黄疸的危险。
多沙普伦也是常用的呼吸中枢兴奋类药物。有研究报道指出，本品的效用主要体现在茶碱以及咖啡因治疗无效时。一般疗程为5天，必要时可延长疗程。有效血浓度<5mg/L。毒性作用：抖动、抽搐、心率增快、高血糖、腹胀、呕吐、轻度肝功能损害和高血压，停药后可消除。有心血管疾病或抽搐禁用。由于需要静脉持续点滴和其毒性作用，限制了本药的应用。
4、持续气道正压（CPAP）
一般供氧不能缓解呼吸暂停者可用CPAP，常用的是双侧鼻塞或气管内插管方法，压力在0.3～0.5kPa，其机制可能与纠正缺氧有关。
5、机械通气
机械通气是在上述治疗方法无效，或效果不强并伴有低血氧症或明显心动过缓时使用。无肺部疾患者呼吸机预调参数：FiO20.25～0.3或上机前的氧浓度。pip1.4～1.9kPa（15～20cmH2O），呼吸频率15～25次/min，吸气时间0.5～0.6S。
