药物1：免疫促进剂或激素类药物。这类药物在国外应用较广，可有效治疗某些深大、久治不愈的溃疡，并能抑制溃疡复发长达3-6个月。但激素长期应用可产生某些严重不良副作用。免疫促进剂也能降低溃疡的复发，如转移因子、胸腺肽等，但此类药物长期使用后疗效有可能降低。
药物2：新型生物制剂。这类药物是随着基因工程的迅猛发展而研究开发出来的新一类药物，分为免疫因子和生长因子两类。免疫因子对放化疗后口腔粘膜炎等免疫功能低下患者有显着疗效。生长因子类制剂主要是直接刺激创面细胞分裂增殖，可在溃疡创面固定成膜，保护创面从而大大缓解患者疼痛，得到好评。
药物3：中药制剂。主要成分为冰片、青黛，具有清热解毒、活血化瘀、生肌止痛效果。成药有溃疡散、养阴生肌散、锡类散、西瓜霜喷剂和复方草珊瑚含片等。复合制剂。如溃疡膏、溃疡膜、复方金霉素药膜等，治疗效果准确。
另外，还有一种针对初发口腔溃疡时使用三合一法对付它有不错的效果：饭后先用食盐水漱口2次，漱口后隔1～2分钟，用清水漱口2遍，再取凉浓茶漱口1～3次，最后取维生素c(0.1克/片)1片，压碎成粉，用棉签蘸粉涂于溃疡表面，闭口片刻。以上方法早晚各一次，溃疡多在3天内痊愈。
