口腔溃疡因食物刺激而疼痛，影响工作和生活。溃疡愈合期间，药物控制可促进愈合。此外，治疗还可以延长间隔时间，减少复发次数。
口腔溃疡的病因相对复杂，许多不同的病因导致相同的口腔溃疡。临床上常根据不同诱因，分别作出治疗，以达到治愈目的。在家庭中也应考虑口腔溃疡的病因总结治疗经验，或在医生指导下获得治疗效果。
口服维生素B/C可增强机体抵抗力，有助于溃疡愈合。
疼痛明显，溃疡较多，间歇期较短的可试用左旋咪唑，转移因子或胸腺素等免疫调节药物治疗，亦可使用糖皮质激素，如强的松治疗。另外，全身的其他治疗也很重要，如给予镇静、安眠、调节神经和消化道功能的药物。发病时应避免吃刺激性食物，最好戒烟、酒等。
在溃疡上涂擦止痛、消炎的药物，可防止继发感染，减轻症状。
如使用5%霉素鱼肝油糊剂的1%氯化松或强松胶剂的中成药如冰硼散、锡类散、养阴肌散等。但是，为了不损害健康的组织，不应该使用煤酸或硝酸银烧灼溃疡。
