继发性痛经有相应的生殖器病变，必须首先治疗引起痛经的生殖器病变。
就像宫颈管狭窄的患者一样，产后宫颈管狭窄的情况得到改善，经血出现经血不足、排出不良的痛经。盆腔炎患者经过消炎治疗后，盆腔状况得到改善，生理痛的状况也得到缓和。
引起继发性痛经的最常见病变是骨盆内膜异位症、子宫腺肌病。笔者多次诊断未婚女性在初潮多年后开始生理痛，认为自己和监护人没有结婚，不应该得妇科病，生理痛时忍耐或吃止痛药就过去了。几年后，婚前检查发现骨盆内膜异位症、卵巢内膜异位囊肿对生育能力有很大威胁。
针对子宫内膜异位症和子宫腺肌和手术治疗两种选择。
子宫内膜异位症引起的痛经优先于非固醇抗炎药和口服避孕药，疗程一般为6个月以上，与原发性痛经相同。如果治疗效果不好，可以用促性腺激素释放激素类似物进行治疗，每次皮下或肌肉注射一每周注射一次，疗程为6个月。如果患者暂时没有生育要求，不适合长期口服药物，可以在子宫内放置左炔诺孕酮子宫内缓释系统(也称曼月乐、子宫内节育器)或缓释孕激素的阴道环，减轻痛经的目的，明显减少月经量。如果患者有生育要求，盆腔内有较大的子宫内膜异位囊肿，腹腔镜下腔镜下微创手术治疗。
手术切除子宫通常是治疗子宫腺肌病的最彻底的方法，但对于有生育要求或要求保留子宫的患者，促性腺激素必须释放激素类似物质进行治疗，疗程相同。如果患者暂时没有生育要求，子宫腔内放置左炔诺孕酮子宫内缓释系统，或者阴道使用缓释药物是优先的方法。口服避孕药也可以选择，但一般不是优先的治疗药。
子宫腺肌病也可以通过子宫动脉栓塞术减轻生理痛、减少月经量等目的。但是，由于其操作者需要非常丰富的临床经验，治疗费用高，目前不推广应用。
总之，继发性痛经的治疗首先要区分病因，与对症治疗并存。忍受顽固的原发性痛经，将来有些人可能会发展成子宫内膜异位症。子宫内膜异位症合并不孕不育的发生率相当高。
