刺儿菜根的临床应用主要包括以下三个方面：
1、治热结下焦之血淋、尿血。小便频数，赤涩热痛，尿中见血，或血尿，舌红苔黄，脉数。生地30g，小蓟15g，滑石5g，木通6g，蒲黄9g，藕节8g，淡竹叶9g，当归6g，山栀子9g，甘草6g。每服4钱，去渣温服，空心食前。方中小蓟凉血止血，为君药。
2、治血热妄行之上部出血。咳血、咯血、吐血，血色鲜红，舌红，脉数。大蓟、消极、荷叶、侧柏叶、白茅根、茜根、山栀、大黄、牡丹皮、棕榈皮各9—15g。温水调服，亦可作汤剂水煎服，食后服下。方中小蓟为寒凉之血之品，为君药。
3、小蓟鲜品适量洗净，捣烂或晒干研末，外敷，治创伤出血。
