少部分咽峡炎可自愈，大部分咽峡炎需进行积极治疗才能好转。
有些急性咽峡炎病情较轻，并没有很明显临床症状，仅只是感觉咽喉部位轻微不适，没有影响正常进食，且没有引起鼻窦炎等其他疾病。这时要多喝水，且多注意休息，保证清淡饮食，多吃新鲜蔬果，病情可能会自行好转或痊愈。
如果咽峡炎发病后症状不断加重，出现畏寒、发热、头痛及明显咽喉疼痛等现象，或引起其他疾病，很难自行好转或痊愈，需及时进行治疗，防止病情加重。如果演变成慢性咽峡炎，多数情况下无法自愈，治疗难度也会增加，需及时进行诊治，日常生活中也要多注意护理，防止病情加重或反复发作。
