大便时疼痛，可能是肠胃炎、痔疮、肛裂等疾病引起的，需根据病因应用药物治疗。
饮食不当，吃不干净、腐败变质的食物，都可能使细菌入侵诱发肠胃炎，肠道蠕动加快，有腹痛、腹泻症状。频繁腹泻，还有肛门疼痛感。可服用诺氟沙星胶囊、左氧氟沙星片、蒙脱石散等药物抗炎、止泻，缓解疼痛感。
痔疮包括外痔、内痔、混合痔，当存在外痔、混合痔时，患者肛门处血管淤积，排便会使皮神经受到刺激，有疼痛、出血等症状。可用马应龙麝香痔疮膏、痔根断片、地奥司明片等药物清热解毒、消肿止痛。
便秘特别严重，用力排便时，会使齿状线以下的肛管皮肤出现小裂口，有便血、剧烈疼痛症状。可用高锰酸钾温水坐浴，并使用盐酸利多卡因凝胶、硝酸甘油软膏等外涂患处，促进血液循环，减轻疼痛感，促使肛裂尽快愈合。具体用药需遵医嘱，不可擅自用药。
