一般情况下，由于个体差异，胃肠疾病没有最好的检查方式这一说法，需要结合具体情况来选择。常用的检查方法有胃肠钡餐检查、胃肠镜检查以及碳13或碳14呼气试验等。
1.胃肠钡餐检查：检查前要先口服造影剂硫酸钡，之后进行X光透视及拍片，可以通过钡剂在胃肠道留下的影像来判断胃肠道的病变情况。由于这种检查较为粗犷，并不能活检组织，因此应用率相对较低，主要用于诊断胃下垂和胃动力异常。
2.胃肠镜检查：胃肠镜是诊断胃肠道疾病最为准确的检查方法之一，将胃镜或肠镜放入患者的消化道当中，直接观察消化道的健康状况以及病变部位。如果不能明确疾病类型和病变性质，可以在胃肠镜下取一部分组织进行活检。
3.碳13或碳14呼气试验：很多胃肠疾病的发生都与幽门螺杆菌感染有关，要判断是否感染这种细菌，需要进行碳13或碳14呼气试验。这种方法快速有效，较轻松呼气，测定呼气成分便能检测是否有幽门螺杆菌感染，准确率可以达到97%以上。
