新生儿拉肚子根据具体病因选择合适药物治疗，细菌感染用抗生素类药物，也可用恢复肠道正常菌群的药物及肠黏膜保护药。另外要进行饮食治疗。
1、药物治疗
新生儿拉肚子由细菌感染导致，可适当应用抗生素类药物，副作用较大，需谨慎用药。还可应用恢复肠道正常菌群的药物，调节新生儿肠道菌群，改善拉肚子症状，另外就是应用肠粘膜保护药。
2、对症治疗
新生儿拉肚子会引起脱水现象，需及时补水，必要时静脉补液，防止水电解质紊乱，严重者可酌情输全血或血浆。
3、饮食治疗
新生儿拉肚子和喂养不当有密切关系，应改变新生儿饮食结构，如更换奶粉或减少喂奶量。
