干扰素有许多亚型，主要分为α、β和γ三大类型。以往的研究发现，干扰素β进入血液中稳定性差、易被灭活，干扰素γ疗效不如α和β，因此目前临床上用于治疗病毒性肝炎的干扰素主要是干扰素α-2b、干扰素α-1b和干扰素α -2a 。
这三种干扰素的效果基本相似，但中国人的白细胞经病毒刺激后诱生的干扰素中最主要的亚型是α-1b，其次是干扰素α-2(包括2b、2a )。因此从理论上讲，干扰素α-1b更接近中国人的自然状况，使用干扰素治疗后不良反应较少，且产生干扰素抗体的几率也更小。
干扰素还分为普通干扰素和长效干扰素(即：聚乙二醇干扰素)。聚乙二醇干扰素是将干扰素α与聚乙二醇分子连接起来，使聚乙二醇分子在干扰素分子外面形成一个分子屏障，降低了干扰素的免疫原性，保护了它进入体内后免受酶的分解，半衰期延长至40～100小时(普通干扰素半衰期仅为4小时)，因此可以每周1次给药，故称之为长效干扰素。
这种干扰素剂型可保持血液中有较稳定的高浓度干扰素水平，提高了疗效(比普通干扰素的疗效大约提高10%左右)，同时也减少了病人的注射次数，从而提高了病人的依从性和生活质量。
目前上市的长效干扰素也有两种剂型：聚乙二醇干扰素α -2a 注射液(派罗欣)和聚乙二醇干扰素α-2b(佩乐能)。两者比较，佩乐能注射后发热较派罗欣常见，但由于其血浆半衰期比派罗欣稍短，故对骨髓系统的抑制较派罗欣轻，白细胞下降发生率低于派罗欣。因此，发热较重者可选用派罗欣，白细胞较低者可选用佩乐能。
另外建议使用干扰素治疗的病人小量购买，千万不要图便宜大量批发。先购买1周的药量，可先从300万单位的剂量用起，如发热症状轻，其他不良反应也不明显，再按月购买或增加剂量。长效干扰素可先购买1支，注射后可以耐受的患者再继续购买。这样，一旦需要停药或更改剂量，也可避免一定的经济损失。
