α干扰素的副作用常是可逆的，常见的副作用是注射数小时后患者出现感冒样症状，如畏寒、发热、乏力、头痛、肢体疼痛、关节痛、肌肉痛、恶心、心悸等。多数病人发生在治疗早期，继续治疗一段时间后会逐渐减轻。不能耐受这些副作用的病人，可在注射α干扰素后2～4小时用些解热镇痛剂对症治疗。也可将注射时间安排在晚上，以减轻症状。
其他可逆性的副反应如脱发等，停药后会逐渐恢复正常，可暂时不作处理，一般都不必减量或延长注射间隔期，以免影响α干扰素的疗效。
少数病人在长期注射后会出现外周白细胞和血小板一过性降低，一般停药后可自行恢复。也可加用促血细胞升成药对症治疗，并观察血象的改变，必要时可暂停干扰素，恢复正常后再继续使用。
