慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。
拉肚子是人群当中最为多见的一种不良症状，只是发作特点有所不同而已。而如果是患有慢性腹泻，便会出现病情长时间发作的情况，此时便不可避免的会给身体带来较大不良影响，故患者就务必要提高警惕性。那么，慢性腹泻的危害是什么呢？
1、肠道功能受损
长期慢性腹泻可导致肠道内菌群发生失调，尤其是益生菌与致病菌的动态平衡状态会受到破坏。此时便会让肠道功能发生异常，轻微时会有反复性拉肚子和大便异常等反应，严重情况下可能会进一步诱发多种大肠疾病，比如真菌性肠炎、肠出血以及肠套叠等，临床方面还有出现肠穿孔的病例。
2、继发性感染
慢性腹泻在持续性发作期间必然会导致身体免疫能力大大降低，可出现继发性感染的情况。特别是小儿患者，会因此而出现鹅口疮及多种真菌感染性疾病，有时炎症也会扩散迁移到上呼吸道以及泌尿系统。
3、营养不良
营养不良是慢性腹泻最为多见的一种危害。由于反复性拉肚子会导致体内大量营养物质及水分流失，且发病期间需要严格注意饮食调理，很容易导致营养失衡，甚至出现营养不良的病症。部分患者可出现各种维生素缺乏症，比如维生素A或维生素D缺乏症等。
4、肝脏功能异常
慢性腹泻往往可让肝脏受到累及。当属于重型腹泻时，就可能会出现皮肤发黄和眼睛巩膜黄染等症状，也就是通常所说的黄疸。如果去医院接受针对性检查，可发现有中毒性肝炎的病灶。这种并发症在病因为败血症等患者当中最为常见。
5、其它危害
若不能正确有效治疗慢性腹泻，可进一步影响到肾脏及心脏功能，出现急性肾衰竭和心力衰竭一类并发性疾病。另外，根据病例研究发现，也有发生感染性休克、中毒性脑病的几率。
