一般情况下，睡觉醒来肾疼，可能是急性肾盂肾炎、肾结石、肾脏肿瘤等原因，可以通过抗生素治疗、体外冲击波进行手术、手术治疗等方式处理。具体分析如下：
1.急性肾盂肾炎：急性肾盂肾炎的发生通常与感染有关，多半是细菌感染，会产生急性炎症，导致肾区疼痛。可伴随尿路刺激症状，如尿频、尿急、尿痛等。需遵医嘱应用抗生素类药物治疗，如氧氟沙星片、阿莫西林胶囊、环丙沙星片等。
2.肾结石：肾结石是发生在肾脏部位的结石性疾病，随着结石体积的不断增大，会刺激肾脏黏膜，导致肾疼现象。睡觉醒来后突然活动，结石的位置发生改变，疼痛症状比较明显。可以多喝些温开水，增加排尿量，并且多注意运动，观察结石是否能够排出。如果疼痛持续存在，则要及时就医，在医生的指导下通过体外冲击波碎石的方式治疗。
3.肾脏肿瘤：肾脏是肿瘤的高发器官，一旦患上肾脏肿瘤，可能会出现肾疼的现象，如肾脏透明细胞癌。肿瘤生长到一定大小后，会牵扯到肾被膜，从而引起肾疼。需要在医生的指导下采取手术治疗，尽量扩大手术范围，术后还需做放疗或化疗。
除以上相对常见原因外，还有其他的可能性疾病，比如肾周围炎。
