脑肿瘤病儿普遍都有神经认知缺陷，缺陷的程度主要依赖于接受治疗时的年龄和放疗的剂量。对于局灶性脑干肿瘤的幸存者来讲，就诊时症状的持续时间以及肿瘤相关的致残的严重程度是最重要的预测预后的因素。
需要分流的病人增加了因为慢性的植入导管的长期的致残表现，例如感染和外科调整的潜在危险。生存是最重要的长期结果，鉴于病人可能会生存超过十年，因此有许多因素需要考虑。
由于还有很多其他的很多治疗方法，因此外科手术的目的主要在于安全的情况下来获得组织病理诊断(减少致残性而不是全切肿瘤是主要的目标)。同样放疗的长期并发症也使得化疗这个较少引起致残性的手段得以考虑。
治疗手段应当个体化，应当要将病人的物理的，遗传的和认知的因素一起来考虑。例如NF1病人，如果治疗进展很局限或者无症状，则治疗应当被推迟。对于许多其他病人，未能全切的病人将会复发，治疗则不应被推迟。
很多证据都认为肿瘤病人进行多学科的评价是非常重要的。除了与治疗有关的医学和身体的问题以外，例如癫痫控制，身体和职业训练。必须把注意力放在认知上。为了处理这些问题，心理学医生，神经心理医生和学校联络专家都是需要的。
和儿童脑干胶质瘤不同，成人脑干胶质瘤罕见。除了顶盖胶质瘤以外，它们的临床行为更类似于幕上胶质瘤。一组48例 的脑干胶质瘤病人，可以归于如下的几类：
弥漫性内生性低度恶性胶质瘤，46%，多见于年轻成人，在诊断之前，病史较长。影像学上表现为增大的脑干，且没有强化。大部分病人，62%对放疗敏感。中位生存期大于7.3年。间变27%和恶性生长23%是导致死亡的主要的原因。
恶性胶质瘤，31%，见于年长的病人，临床病史短暂，MRI的特点为对比增强和坏死。对治疗不敏感，中位生存期11.2月。
顶盖胶质瘤，占8%，多见于年轻病人，常常因为脑积水而发现。在儿童病人，症常常隐匿，中位生存期常常超过10年。
新近诊断的局灶性脑干胶质瘤，除了顶盖胶质瘤以外，都有手术切除或者活检的指征。顶盖胶质瘤在发现的时候不需要进行手术治疗。脑积水可以处理，但是肿瘤仅仅需要观察而已。
脑干胶质瘤累及延髓或者其它区域，当外科手术有很高的致残的可能性时，也不应被施行。
当不可切除的或者不全切除的肿瘤病人，年龄和神经功能缺损成为很重要的运算规则。对于那些小于10岁的病人，化疗的施行可以延迟放疗的给于。进展性的症状出现时，则需要更激进的治疗。对于青少年和成人，化疗的作用尚不能确定，放疗的作用较为明确，且有较少的副作用。复发病变可以通过相似的处理。
