大部分白塞氏病的患者经过积极的治疗以后病情都能够稳定，但是容易复发。因为白塞氏病的病因不清楚，多数患者病情长期处于缓解复发交替的状态，部分患者经过治疗以后达到痊愈。
只表现为口腔溃疡或皮疹，预后往往更好，可能愈合。表现为系统疲劳，如眼睛、神经系统、肠道疲劳，如果不治疗预后较差，严重可能导致失明、肠穿孔甚至死亡，因此需要积极治疗。治疗越早，效果就越好。
治疗白塞氏病一般需要服药，服药时间不同，大多数白塞氏病患者需要长期服药，主要是免疫调节剂或免疫抑制剂，包括口服糖皮质激素、甲氨蝶呤、秋水仙碱、沙利度胺、硫唑嘌呤、环磷酰胺、环孢素等药物。然后是抗肿瘤坏死因子拮抗剂。除药物治疗外，还可选择手术或介入治疗，但应以药物治疗为基础。
