与感染、普通感冒、细菌性肺炎、衣原体肺炎、支原体肺炎、感染性非典型肺炎、肠道病毒感染、巨细胞病毒感染、钩端螺旋体病、感染性单核细胞增多症等疾病进行鉴别诊断。
1、与流行性感冒鉴别
流行性感冒一般分为甲、乙、丙三种。乙丙流行性感冒一般只在人群中传播，很少传染其他动物。甲型流行性感冒大部分是禽流感，禽流感病毒一般很少发病。禽流感主要传播在鸟类中间，偶尔会感染人，其临床表现与人类流行性感冒相似，但人类禽流感症状重，并发症多，与普通流感有一定差异。
2、细菌性肺炎
主要有辐射、毒气、药物、过敏性肺炎等感染性和理化性，临床上细菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体、真菌和寄生虫等感染性肺炎，其中细菌最常见。
3、衣原体肺炎
肺炎衣原体与鹦鹉热和砂眼衣原体有同样的特异性抗原，其他特异性抗原血清学的特征不同。通常，DNA杂交试验和限制性核酸内切酶分析确认了与砂眼和鹦鹉热衣原体不同的第三个衣原体。
