淋菌性肛门直肠炎主要通过患者的临床表现和实验室淋球菌检查进行诊断。检查手段包括:
1、涂层检查
取患者尿道分泌物或宫颈分泌物，染色皮兰，在多形核白细胞中发现皮兰阴性双球菌，涂层对有大量脓性分泌物的单纯淋菌性前尿道炎患者，该法阳性率在90%左右，可初步诊断。
咽部涂层发现革兰氏阴性双球菌无法诊断淋病。其他奈瑟菌在咽部是正常菌群，还应进一步检查症状不典型的涂层阳性。
2、培养检查
淋球菌培养是诊断的重要证据，培养法对症状轻或无症状的男性、女性患者是敏感的方法，只要培养阳性就可以确诊。在基因诊断问世之前，培养是世界卫生组织推荐的筛选淋病的唯一方法，阳性率男性培养80%-95%，女性培养80-90%。
