凡病情危重、手术后、老年慢性病患者，尤其是接受大剂量抗生素治疗后，突然发生腹泻、腹痛者，均要考虑假膜性小肠结肠炎，如大便为水样便，并伴有发热等症状，应高度怀疑本病的可能。最终确诊依赖于病原学和组织学检查。常规检查如下:
一、实验室检查
1、细菌培养:在37℃厌氧环境下培养24~48h。培养结果为阳性，必须进行毒素鉴定。由于少数正常人可以携带难以区分梭状芽孢杆菌，该菌株不产生毒素。
2、毒素鉴定：为诊断假膜性小肠结肠炎的金标准，主要采用组织细胞培养法，该法最为敏感和特异，但临床实施较困难。酶联免疫吸附法(ELISA)虽然对细胞培养不敏感，但迅速、简单、经济，现已应用于临床。
3、抗毒素中和试验:机制难以区分梭孢杆菌毒素的细胞毒作用，以区分梭子孢菌素中和，稀释抗毒素后在室温或37℃时发生中和现象。
二、其他辅助检查
1、内镜检查:诊断假膜性小肠结肠炎的快速可靠方法。内镜下可将PMC分为3种类型:①结肠炎模型:粘膜充血、浮肿，呈非特异性结肠炎模型，多见于病情轻、病程早、治疗及时的患者②轻型:粘膜充血、浮肿为主，可见假膜为白色斑点状、跳跃分布、周边红晕、红晕之间粘膜正常、病程早期多见③重型:可见许多斑片状或地图状假膜，假膜为黄、黄白色或黄褐色，不易剥离，勉强剥离或脱落后容易出血，其剥离面像糜烂性胃炎的内镜表现，多见于病情重、病程晚期、治疗不及时的患者。
2、x线检查:腹部x线平片可见结肠扩张、肠腔积液和指压痕迹。气钡灌肠双重造影可见结肠粘膜紊乱、边缘刷状、粘膜表面有许多圆形或不规则结节状的影响，也有指压痕迹和溃疡症。
