阿米巴结肠炎具有一定的潜伏期，长短不一，1～2周或数月以上。食用包的数量、致病力和身体抵抗力的强弱不同，临床表现也不同。
一、症状体征
1、无症状型主要指阿米巴包的携带者，由于调查，他们的症状很轻，经常被患者忽视。这些患者是本病的重要传染源
2、阿米巴肠炎与普通肠炎类似，患者有腹痛、腹泻、粪便不成形或稀有，粘液和未消化的食物混合，臭味较大。
3、阿米巴痢疾的症状与细菌性痢疾相似，但中毒症状较轻。患者发热38℃左右，腹痛、腹泻，一天可多次发烧10次以上。大便呈血性粘液便或粪便与血分离，有时完全是血性便。次数少的话粪便会变成暗红色和果酱，变得奇怪。
在患者的新鲜粪便中，特别是在血性粘液处仔细寻找阿米巴原虫，如果发现活动吞噬了红细胞的溶解组织阿米巴滋养体，就可以确定。一次也找不到，要多次检查，努力培养细菌和阿米巴。镜子检查时要注意保温。不那样的话，阿米巴的滋养体就不会活动，很难和巨大的食物细胞区别开来。乙状结肠镜检查有助于诊断，尤其是鉴别诊断。急性期可见其烧瓶样溃疡，溃疡间粘膜正常。慢性期可见肠粘膜增生肥厚、肉芽肿、息肉等，可在病变处接受活体组织的病理检查，进一步确定其性质。
二、典型的临床表现
1、急性阿米巴痢疾或肠炎的主要症状是腹痛、腹泻、血性粘液便等肠炎的表现，伴随着38℃以上的发热。大便次数大多不超过每天10次。盲肠和升结肠是最受侵害的部位。直肠和乙状结肠其次，腹部压痛往往比左侧明显。轻症者大便中有粘液，但无明显血性改变。
2、急性暴发型结肠粘膜大量坏死，继发细菌感染，引起明显严重的毒血症状，患者高热、腹痛、腹泻、大便十几次以上、血液样本方便。可以伴随恶心和呕吐。肠出血和肠穿孔的危险性很高。幸运的是，近年来巳很少见。
3、慢性阿米巴结肠炎多表现为慢性肠炎。腹痛、腹泻虽不严重，但迁延不愈，或时好时坏。症状明显时每日3～5次稀便，可有粘液，粪检可找到阿米巴滋养体。无明显腹泻时粪便中可找到阿米巴包囊。在明显的急性发作时，可排出痢疾样大便。
