1、慢性细菌性痢疾常有急性细菌性痢疾史，抗菌药物治疗有效，粪便培养分离痢疾杆菌，肠镜检查时取粘液脓性分泌物培养阳性率高。
2、慢性阿米巴痢疾 病变主要侵犯右侧结肠，也可累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘深切，溃疡间黏膜正常。粪便或结肠镜取出的分泌物中可找到阿米巴滋养体或包囊。抗阿米巴治疗是有效的。
3、血吸虫病在疫区有疫情接触史，粪便检查可见血吸虫卵，孵化毛虫阳性。直肠镜检在急性期可见直肠黏膜有黄褐色颗粒，活检压片或组织病理检查，可见血吸虫卵。患者经常伴随着肝脾大。
4、肠易激综合征 粪便有黏液但无脓血，可有便秘和腹泻交替，常伴腹痛、腹胀、肠鸣及神经功能症，各种检查无明显器质病变发现，症状与情绪、精神状况密切相关。
5、结肠癌 多见于中年以后，肛门指诊常能触到肿块，粪潜血试验常阳性，X线钡灌肠、结肠镜检有鉴别诊断价值。
