生殖器疱疹从感染到发病一般为3-5天，患处先有烧灼感，然后出现红斑，继之在红斑的基础上发生多群红色丘疹，并感到热痒，不久即可变成小水庖，数日后水疱变为脓性，破后可形成糜烂，最后可结痂痊愈。整个病程15-20天。这是生殖器疱疹的主要生殖器疱疹的早期症状表现。
男性生殖器疱疹，多生于龟头、冠状沟、包皮、阴茎体、尿道口和阴囊。男性同性恋者由于肛交，疱疹可发生于肛门及肛周，严重者可感染直肠。男性同时可并发尿道炎、膀胱炎和前列腺炎;女性可并发宫颈炎和子宫炎。大多数生殖器疱疹患者还可并发双侧腹股沟淋巴结肿大。
最常见的生殖器疱疹的早期症状表现是一簇包含有流动性液体的大水疱，破裂后会产生疼痛的溃疡，溃疡之后结痂然后自愈。这个过程可能会持续好几天。但是在有些人只表现为皮肤上有一些小疹子和类似丘疹的小肿块。还有些人有一些其他的症状像小便涩痛，在一些女性中可以表现为有阴道液体排出。
女性发病发生于大小阴唇、阴蒂或宫颈处，呈现集簇性分布，先为红色丘疹，可变成小水疮，疱疹半透明，内含黄色液体，抓后极易破溃糜烂，可灼热疼痛，也可能出现继发感染，腹股沟淋巴结肿大，有压痛，但多不化脓。本病呈自限性，也就是说可以不治自愈，1-2周自然消退，当机体再次抵抗力下降，就又发作，如此反复不止，很难根治可诊断为复发性生殖器疱疹。
