功能性子宫出血对女性的健康会产生影响。如果出血时间过长和量过大，可能会引起不同程度的贫血，严重者可能会出现重度贫血。而长期的子宫出血也让细菌和病毒更容易侵入人体，容易出现盆腔感染，会出现腹痛或分泌物异常等情况。而盆腔感染如果不及时有效的治疗，可能会导致盆腔淤血，卵巢功能受损、输卵管黏连阻塞等可能会导致出现不孕症。而不排卵或者黄体功能不足等导致出现功能性子宫的原因，也可能会出现不孕的情况。
无排卵的功能性子宫出血患者或者长期使用雌激素来进行治疗的功能性子宫出血患者，应该要注意子宫内膜是否有发生变化，此类患者的子宫内膜可能会出现增生型子宫内膜腺瘤或子宫内膜腺癌，需要特别注意。
