孩子被诊断为小儿先天性心脏病后，有很多家长会感到绝望，甚至感到孩子的生命在不久的将来就会走到尽头。这些悲观的想法十分错误，在确诊为小儿先天性心脏病后要尽快给孩子治疗，大部分的小儿先天性心脏病预后较好。
在确诊后，治疗问题要根据不同的情况而定。有很多先天性心脏病的患儿会自然痊愈，对于这部分患儿只需追踪观察即可；如果患儿出现轻微心脏衰竭，需使用药物进行治疗；如果病情复杂，就必须手术治疗才能得以矫正。有一部分小儿先天性心脏病使用心导管治疗，就可以治愈该病，心导管治疗是一种不会在孩子身上留下刀口而只会有小针孔的先进治疗方法。
如果先天性心脏病患儿病情特别严重，在婴儿时期，孩子就已经出现了发绀的症状，在新生儿期，可能将实施第一阶段手术，促使身体循环能够维持正常水平，在成长一段时间后陆续进行其他手术治疗。
像心室中隔缺损这类随着孩子成长有可能会自动愈合的小儿先天性心脏病类型，可以先给其愈合的机会，孩子稍大时如果并未改善可再实施心导管矫正。如果是一心房一心室的严重先天性心脏病，可能难以百分之百治愈。
