辅助化疗也就是手术后的化疗，对于临床肌层浸润性膀胱癌患者，根治性膀胱切除术后病理若显示淋巴结阳性，术前未行新辅助化疗者术后可采用辅助化疗。膀胱部分切除患者术后病理若显示淋巴结阳性或切缘阳性，术后亦可采用辅助化疗。辅助化疗可以推迟疾病进展，预防复发。
膀胱癌的新辅助化疗也就是手术前的化疗，对于可手术的肌层浸润性膀胱癌患者，术前可行新辅助化疗。新辅助化疗的主要目的是控制局部病变，使肿瘤降期，降低手术难度和消除微转移灶，提高术后远期生存率。新辅助化疗后，患者死亡率可下降12%～14%，5年生存率提高5%～7%，远处转移率降低5%。
化疗方式多采用膀胱内药物灌注治疗，常用的药物有丝裂霉素、阿霉素、羟基喜树碱及卡介苗等，每周灌注一次，8次为一个疗程。目前认为卡介苗效果最好，但是发热、膀胱刺激症状、出血性膀胱炎等不良反应发生率较高。
