皮肤扁平苔藓可能会复发。
治疗皮肤扁平苔藓多采用西医激素、消炎、维生素等简单的施治方法，往往是治病治表。皮肤扁平苔藓的症状下去以后，患者需要长期服用药物，达到控制病情的目的。这样做虽然起到了短期康复的效果，却有可能会导致复发。
自身免疫问题导致的疾病的两大特点一般是易复发、顽固难治。除了扁平苔藓之外，口腔溃疡、白塞氏病等均有这样一个特点。患者有时感觉自己的扁平苔藓没有症状了，以为是自愈了；也有患者服用简单的药物施治之后，身体上的症状就消失不见了，以为是因为吃药的效果，让身体恢复了健康，其实不然，这主要是因为自身免疫系统异常引起的假象。部分治疗手段具有局限性，患者需要到专业正规的医院，使用专业的方法帮助重整自身免疫系统异常的问题。
