非淋菌性尿道炎经过系统性治疗，不会遗留后遗症，但其危害性较大，诱发不孕不育症、排尿障碍、性功能障碍等疾病。
1、不孕不育症
非淋菌性尿道炎，如果炎症硬性感染至男性前列腺、附睾以及精囊等部位可诱发局部炎症反应，影响精子质量，易诱发不育症；而女性感染该病，感染上行至宫颈、输卵管等部位，易会诱发女性不孕症。
2、排尿障碍
多数患者小便时伴有尿道灼热、刺痛感，影响正常排尿，严重时会诱发排尿障碍等重症疾病发生。
3、性功能障碍
非淋菌性尿道炎未及时治疗，时间过久，病情反复发作易导致男性出现性欲减退、阳痿、早泄等性功能障碍性疾病，影响正常性生活。
