肾结石的主要表现是与活动有关的血尿和疼痛，其程度与结石部位、大小、活动与否及有无并发症及其程度等因素有关，且结石越小症状越明显。正是由于肾结石的这些典型症状，使得它易与一些疾病相混淆，比如肾结核。
肾结核也可出现疼痛和血尿等症状，甚至腹平片上也可见肾区的钙化影，尤其在肾结石合并有梗阻和感染时需特别注意与肾结核的相互鉴别。
1）肾结核往往有慢性顽固的膀胱刺激症状，经一般抗菌药物治疗无明显效果；
2）肾结核患者的尿中有脓细胞，而普通尿培养无细菌生长；
3）肾结核患者有时伴有肺结核或肾脏的小结核病灶；
4）肾结核患者的膀胱镜检查可见充血水肿、结核性结节、结核性溃疡、结核性肉芽肿和瘢痕形成等病变，在膀胱三角区和输尿管开口附近病变尤为明显。输尿管口常呈洞穴状，有时见混浊尿液排出。
此外，钙化型肾结核在平片可见全肾广泛钙化，局灶性者在肾内可见斑点钙化阴影。而肾结核造影的早期X线表现为肾盏边缘不整齐，有虫蛀样改变，严重者可见肾闭塞、空洞形成，肾盏肾盂不规则扩大或模糊变形。
