尿道下裂是一种隐性遗传疾病。临床数据显示，大概有20%到50%尿道下裂与遗传因素有关系，但即使有尿道下裂家族史，也不一定100%会患病。 有些尿道下裂具有一定遗传性。如果曾经生过一个尿道下裂患儿，其他孩子出现尿道下裂可能性为10%。不过出现尿道下裂后也不用过于担心，早发现、早治疗，可以恢复到正常功能。而且这种疾病并不是绝对受遗传因素控制，有尿道下裂家族史的人也不一定患病。 盲目备孕期促排卵的药物，或怀孕后应用过抗癜痫药物，受到过放射线、辐射影响，会影响胎儿发育，可能出现先天性尿道下裂。
