手足口病没有最好的治疗药物，需根据具体病情进行选择。早期可应用抗病毒药治疗；如出现发热等症状，可应用解热镇痛药；若造成神经系统受累，则需应用糖皮质激素类药物。
手足口病是由病毒感染引起的，具有一定的传染性，目前缺乏特异高效的抗病毒药物，不过在发病早期可以酌情应用利巴韦林颗粒、阿昔洛韦片、更昔洛韦片等抗病毒药物治疗。需严格遵医嘱用药，防止出现不良反应和生物毒性。
手足口病会引起发热、全身肌肉酸痛以及乏力等现象，这个时候可以在医生指导下应用解热镇痛药，常用的是布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片、尼美舒利颗粒等。有助于减轻全身酸痛的症状，还能起到退热作用。
如病情较为严重，导致神经系统受累，可酌情应用糖皮质激素类药物治疗，如地塞米松片、甲泼尼龙片、氢化可的松片等。这类药物的副作用较大，只能短期应用，病情稳定后需要逐渐减少用药量，直到完全停药。
