藿香正气水因其内含有将近60%的酒精，所以很多人喝完藿香正气水以后因对酒精过敏，会出现过敏性的皮疹、过敏性休克、过敏性紫癜以及心动过速等不良反应，所以对于出现这种现象的人不允许喝藿香正气水。
另外，藿香正气水还有很多中药成分，像有些慢性病对这些中药成分敏感性比较强，像高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病的人群也不适合喝。还有酒精含量很高而且药效也比较猛，像老人、孕妇、儿童体质比较弱，当患有胃肠型感冒的时候，建议也要慎用藿香正气水。
