肠道菌群失调系指肠道正常细菌间的比例发生重大变化并引起某些临床症状而言。正常情况时肠道各种非致病菌间有相对固定的比例，并可分解某些物质、产生人体需要的某些维生素、抑制某些致病菌繁殖等，对维持人体消化道正常生理功能有益。但如因机体抵抗力低下，或由于慢性肠道疾病长期大量应用抗生素，则可大量杀死或抑制正常菌群而发生菌群失调，可引起真菌或葡萄球菌性肠炎。患者可有腹泻、腹胀、消化道功能紊乱等症状。
早期诊断菌群失调是正确有效治疗的前提。
菌群失调的诊断包括三部分
1、有无菌群失调
2、菌群失调的程度
3、菌群失调的诱因
菌群失调患者常表现为严重腹泻或慢性腹泻，在应用抗生素治疗过程中，如突然发生腹泻，或原有腹泻加重，即有可能已发生了菌群失调。
菌群失调的程度可分为三度
Ⅰ度(轻度)为可逆性轻度菌群失调，去除致病因素后即可恢复好转，症状消失，临床上多见于急性疾病引起的肠道功能紊乱；
Ⅱ度(中度)菌群失调较重，去除病因常不能恢复，多有慢性肠道症状；
Ⅲ度(重度)菌群失调，表现为菌群交替或二重感染。
详细地了解粪便性状并结合实验室检查可以确定一些有特异性诱因的菌群失调，如志贺菌、沙门菌、空肠弯曲菌、艰难梭菌和轮状病毒感染等。
