肛裂手术最常见的后遗症是肛门括约肌功能不全，通常出现在楔形切除括约肌的情况下。除此以外，肛门狭窄及肛门变形也是肛裂手术的后遗症。
1、肛门括约肌功能不全
肛裂手术可能会引起肛门括约肌功能不全。若肛裂病情较严重，需通过切除括约肌进行治疗，若是做楔形切除括约肌，发生肛门括约肌功能不全的可能性会明显增加。
2、肛门狭窄
肛裂手术也易引起肛门狭窄。患者在进行肛裂手术时，通常是用小刀切除患处，易留下瘢痕。若处理不当，会引起瘢痕性狭窄，若手术后出现化脓情况，会加大肛门狭窄发病率。
3、肛门变形
在切除外肛门括约肌的一侧时，另外一侧就有可能会出现变形。若肛裂合并复杂的肛瘘，手术后发生肛门变形的几率会明显增加。
