一般情况下，与扁平疣患者共用马桶可能会传染。具体分析如下：
扁平疣是一种病毒性皮肤病，它的病原体和寻常疣一样，是由人乳头瘤病毒HPV3和HPV5感染引起的皮肤赘生物，表现为或分散分布、质地柔软、顶部光滑、粟粒至绿豆大、淡褐或的高出皮肤表面的扁平状丘疹，好发于面部、手背部等暴露部位，极其容易传染，给身边亲人的身心健康带来巨大的威胁。
扁平疣有一定传染性，由于发病时间越长，扁平疣越容易形成严重的色素沉着，且容易诱发其他严重后果，主要是通过直接接触传染，但是也可通过污染物，如针、刷子、毛巾等间接传染，与患者共用马桶，可能沾染患者的尿液，从而导致传染。
扁平疣患者可在医生的指导下使用咪喹莫特乳膏、阿昔洛韦乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物进行治疗。
