1．抑制胃酸分泌、中和胃酸尽管很多患者并无高酸，但制酸剂疗效却较肯定。H2受体拮抗剂，如泰胃美800mg，每晚一次，用4周。奥美拉唑20mg，日二次，用2～4周。
2．促胃动力药胃复安、吗丁啉均为多巴胺受体拮抗剂，能促进胃排空，增加食管下括约肌压力，促进胃窦十二指肠协调动作。胃复安能通过血脑屏障，偶可引起锥体外系副作用，症状缓解率为60％～80％。西沙比利为了HT4受体激动剂，对全消化道动力有促进作用，有良好疗效，改善胃排空效果达80％。胃复安剂量为每日3次，每次5～10mg；吗丁啉每日3次，每次10mg；西沙比利每日3次，每次5mg，饭前服。
3．根除HP，常用DeNol、四环素或羟氨苄青霉素、灭滴灵三联疗法。国人不易耐受时用小剂量三联疗法（DeNoll20mg，一日4次，灭滴灵0．2，一日4次，连服2周。继服DeNol240mg，一日两次2周)。
4．胃粘膜保护药可试用胶体铋、硫糖铅、前列腺素E（喜克溃)、麦滋林S等。
5．饮食定时避免咖啡、巧克力、酸食、甜食、戒烟、戒酒。
6．避免过劳、紧张、应激。进行心理治疗有的患者就诊目的是了解其症状是否为某些严重的器质性疾病所致，如果他们相信只是功能性消化不良，就不一定用药，自己会妥善处理自己的症状。
