慢性肠胃炎一般不能自愈，需要患者经过治疗才可恢复。确诊患者需采取一般治疗、药物治疗进行干预，必要时还需行手术治疗。具体如下：
例如实行分餐制、保证食物质量及多样化、保持良好的心境及充足的睡眠等。目的在于对幽门螺杆菌感染、食物毒素、免疫失衡等致病因素进行规避。
如果患者是由于细菌感染导致的，可以使用抗生素如头孢类、喹诺酮类、红霉素等进行治疗。如果是寄生虫感染引起的，可以使用吡喹酮治疗，但会出现头痛、恶心等不良反应。如果是真菌感染引起的，可以使用制菌霉素等。当患者出现腹痛、肠痉挛时，可给予止痉镇痛药物，如阿托品、山莨菪碱等。腹泻严重患者，可以使用蒙脱石散等止泻药物治疗。
适用于出现了慢性肠胃炎合并肠穿孔、肠梗阻等急症的患者。
