在临床上，肉眼下观察到的鼻咽癌可呈结节型、菜花型、浸润型和溃疡型四种形态，而组织学上鼻咽癌的分类则没有这么直观，鼻咽癌绝大多数起源于鼻咽黏膜柱状上皮的储备细胞，该储备细胞是一种原始多能性细胞，可分化为柱状上皮，也可分化为鳞状上皮。
1、腺癌
多来自黏膜的柱状上皮。高分化腺癌极少见，癌细胞排列成腺泡状或腺腔样结构。低分化腺癌癌细胞排列成不规则的索条状或片状，偶有腺腔样结构或形成腺腔的倾向。
2、鳞状细胞癌
高分化的鳞状细胞癌癌巢细胞分层明显，可见大量角化珠。低分化鳞状细胞癌常无角化现象，癌细胞形成大小不等、形状不规则的癌巢，癌细胞分层不明显。癌细胞呈多角形或卵圆形，胞浆丰富，境界清楚，少数癌细胞尚可见细胞间桥。低分化鳞癌多见。
3、未分化癌
主要有两个亚型。一型称泡状核细胞癌或大圆形细胞癌，旧称淋巴上皮癌。癌巢大小不等，形状不规则，与间质界限不很明显。癌细胞体积较大，胞浆丰富，细胞境界不清，核大呈空泡状，核圆形或椭圆形，核膜清楚，可见1～2个大核仁。癌细胞间常见淋巴细胞浸润。另一型特点为癌细胞较小，胞浆少，呈圆形或短梭形。癌细胞弥漫分布，无明显癌巢形成。恶性度较高。
