肚子疼在临床上称腹痛，起床后腹痛可能是肠道菌群失调、肠痉挛、肠易激综合征等疾病引起的，可以针对病因合理用药治疗。
精神压力大、腹部着凉、饮食不当等都可能使肠道菌群失调，肠胃蠕动功能紊乱，可在早晨起床时有腹痛症状。注意清淡饮食，必要时服用双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等药物调节肠道菌群，缓解不适感。
开窗睡觉或未盖好被子，在晚上睡觉时腹部着凉，很可能引起肠痉挛，有腹部绞痛感。应用溴丙胺太林片、消旋山莨菪碱片、硫酸阿托品片等药物解痉镇痛。
心理压力大，长时间处于紧张、焦虑等不良情绪中，可能引起肠易激综合征，肠胃功能紊乱，常有反复发作的腹痛、便秘或腹泻症状。注意进行心理治疗，必要时应用硫酸阿托品片、消旋山莨菪碱片、匹维溴胺片等药物解痉止痛，缓解不适感。具体用药需遵医嘱，不可擅自用药。
