颅骨凹陷可能是因颅底凹陷症、进行性肌营养不良症等因素引起的，也可能是由颅骨的陈旧性骨折、颅脑损伤等疾病造成。
1、颅底凹陷症：颅底凹陷症是一种先天性疾病，一般为良性病变，通常是因胎儿在母体发育过程中，神经系统变异而引起的，常表现为颅骨凹陷。
2、进行性肌营养不良症：若因遗传因素或基因缺失等，引起进行性肌营养不良症，就会导致患者吸收钙质的功能出现障碍，表现出肌肉萎缩等不良症状，进而引发颅骨凹陷。
3、颅骨的陈旧性骨折：若以往患者的头部受到撞击，且症状较严重，如造成颅骨凹陷性骨折，当病情恢复后，就可能会表现出以上症状。
4、颅脑损伤：若头部受到猛烈撞击，致使颅脑损伤，导致颅骨脱离原有位置，颅骨内板或外板向内凹陷，当凹陷到一定程度时就为颅骨凹陷。建议患者及时就医，可在医生的指导下进行清创手术进行治疗。
