慢性甲沟炎患者则需要给予抗真菌药物(首选唑类药物)或抗菌药物治疗，一直持续到炎症消退、甲小皮重建并粘附在甲板上为止，一般需3个月以上。急性甲沟炎需及时进行有效治疗，才能防止甲床损伤的出现，如短期内症状不能缓解，还需要进行外科治疗。
一般来讲，急性甲沟炎可主要通过抗菌谱能覆盖需氧菌和厌氧菌的广谱抗菌药物治疗，如阿莫西林、克拉维酸等，但如果药物治疗48小时后未能改善症状者，则需要进行外科治疗。此外，对于反复出现急性加重的患者，则可采取皮损内或系统应用糖皮质激素联合系统抗菌药物治疗1周，观察疗效在决定是否进行外科治疗。
属于浅表感染且部位局限的急性甲沟炎患者，需进行患甲切开引流。若感染较深，则需要在局部麻醉下，将甲板近端1/3掀起并在近端甲皱襞下放置引流条来引流分泌物。而由嵌甲继发的慢性甲沟炎患者的外科治疗，只需将甲板拔除即可。
对于常规治疗失败的甲沟炎患者，也可在正规医院进行外科治疗或低剂量浅表放射治疗。
