临床上并不是所有的包皮过长患者都适宜进行或者可以进行包皮环切手术治疗。除了有明确出凝血障碍的患者外，许多外生殖器畸形的患者都伴有包皮过长的问题，但绝不能轻易手术切除。
先天性阴茎下弯
先天性阴茎下弯伴发于先天性尿道下裂，但也可以单独发生，又被称为先天性短尿道，对其修复时需要包皮作为尿道的替代材料或修复阴茎创面的材料，因此绝不能贸然切除包皮。
先天性尿道下裂
先天性尿道下裂是尿道发育的缺陷畸形，绝大多数伴有包皮过长，包皮往往像头巾一样覆盖在阴茎头的背侧，而腹侧则缺少系带及阴茎皮肤。阴茎头型的尿道下裂还可伴发包茎。在尿道下裂的修复中，常需要包皮作为尿道的替补材料，如果贸然切除将为以后的尿道修补带来很多麻烦。
隐匿阴茎
几乎全部的隐匿阴茎从外观上看来包皮都是相对过长的，并且形成包茎，但这种包皮过长只是相对的假象，其原因是阴茎不能正常显露。其实隐匿阴茎不仅包皮不长，而且在显露异常得以矫正后均会出现阴茎皮肤的缺乏，故万不可将“多余”的包皮切除，如贸然切除将导致阴茎皮肤缺如的严重后果。
