先天性心脏病有三种治疗方法，治疗的方法要根据病情而定。包括：
1、药物治疗。
2、手术治疗。先天性心脏病的外科手术要根据心脏畸形的种类和病情的严重程度等综合因素决定。手术方法可分为：根治手术、姑息手术、心脏移植三种。姑息手术仅能起到改善症状的作用而不能起到根治效果，主要用于目前尚无根治方法的复杂先心病，为根治手术创造条件，如改良Glenn、Fontan手术，或者作为一种预备手术，促使原来未发育完善的结构生长发育，如体—肺分流术等。根治手术可以使患者的心脏解剖回到正常人的结构。心脏移植主要用于终末性心脏病及无法用目前的手术方法治疗的复杂先心病。
3、介入治疗。分为两种，一种是用球囊扩张的方法解除血管及瓣膜的狭窄，如主动脉瓣狭窄、肺动脉瓣狭窄、主动脉缩窄等；另一种是利用各种记忆金属材质的特质封堵器堵闭不应有的缺损，如房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管末闭等。介入治疗是非常有效的治疗方法，不仅可避免开胸手术的风险，而且住院时间短、恢复快。
