黄体酮胶丸和其他黄体酮药物一样，有副作用。包括：
1、突破性出血、阴道点状出血。
2、宫颈分泌物性状改变，并容易发生阴道霉菌感染。
3、乳房肿胀。
4、恶心，头晕头痛，疲倦，发热，失眠。
5、偶尔肝功能异常。
6、体重的明显变化以及身体浮肿等。
7、阻塞性黄疽。
8、在孕早期使用过量的话胎儿脊柱、肛门、四肢等部位发生畸形的危险可增加8倍。
9、经常使用黄体酮可引起子宫内膜萎缩、月经量减少，并容易发生阴道霉菌感染等现象。
10、使用人工合成孕酮的孕妇女性胎儿会出现男性化的状况。
